programme

Cette année la thématique principale bien que non “obligatoire” quant aux sujets d’ateliers/formations proposés par les participants et l’équipe du PNDB, sera le développement d’outils pour un partage des données & métadonnées.

Si vous voulez proposer un atelier, n'hésitez pas à nous contacter par email contact.pndb@mnhn.fr ou via le formulaire d'inscription

Les aspects traités peuvent être autour  :

  • du paysage de systèmes d'informations de biodiversité , des acteurs, outils et services existants
  • du cycle de la donnée et approche FAIR du point de vue développement logiciel
  • de comment Contribuer / améliorer les outils de structuration des données/ production de métadonnées
  • de comment créer & améliorer les outils permettant la mise en place de flux et curation / enrichissement de données et/ou métadonnées entre SI et notamment solutions logicielles de type catalogues et entrepôts
  • de comment contribuer aux outils existants de production de data paper à partir de données / métadonnées avec focus sur R et le package R emldown en lien avec MetaShARK

Ci-dessous vous trouverez des propositions d'ateliers dans lesquels vous pouvez vous impliquer :

 

Ateliers / hackathons / formations en mode "collaboration fest" mercredi 2 novembre matin 10h00-12h30 mercredi 2 novembre après-midi 14h00-17h30 jeudi 3 novembre matin 10h00-12h30 jeudi 3 novembre après-midi 14h00-17h30 vendredi 4 novembre matin 10h00-12h30 vendredi 4 novembre après-midi 14h00-17h30
Formations introductives
Formation introductutive "paysages des acteurs données de biodiversité"            
Formation introductutive GitHub / Gitlab ?            
Formation introductive reproductibilité via R compendium            
Formation introductive R Shiny            
Formation introductive reproductibilité via Conda et Galaxy-Ecology            
Ateliers
développer un site web pédagogique “actionnable”, dans lequel les utilisateurs peuvent exécuter des outils de traitement, conversion, visualisation de données            
Mettre en place un système de curation manuelle de fiches de métadonnées, via github par exemple et des github actions utilisant l’outil d’évaluation            
Développement de scripts R (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive reproductibilité via R compendium)            
Développement d’applications R Shiny (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive développement d’application R Shiny)            
reflexion données eDNA et workflows analytiques            
Développement d’outils Galaxy (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive reproductibilitévia, Conda et Galaxy-Ecology)            
Fair Implementation Profile avec Tempo            
Hackathons
workflow STOC            
création d'un dashboard sous R Shiny            
Moissonnage Tempo / Recherche Data Gouv / PNDB            

 

Retours sur les 3 jours

 

Vous pourrez touver les comptes-rendus des ateliers et formations en écoinformatique qui ont eu lieu via ce document partagé : https://codimd.math.cnrs.fr/FdmHs_MpQL-OD70agYdxmQ?both

 

 

Personnes connectées : 4 Vie privée
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