programme
Cette année la thématique principale bien que non “obligatoire” quant aux sujets d’ateliers/formations proposés par les participants et l’équipe du PNDB, sera le développement d’outils pour un partage des données & métadonnées.
Si vous voulez proposer un atelier, n'hésitez pas à nous contacter par email contact.pndb@mnhn.fr ou via le formulaire d'inscription
Les aspects traités peuvent être autour :
- du paysage de systèmes d'informations de biodiversité , des acteurs, outils et services existants
- du cycle de la donnée et approche FAIR du point de vue développement logiciel
- de comment Contribuer / améliorer les outils de structuration des données/ production de métadonnées
- de comment créer & améliorer les outils permettant la mise en place de flux et curation / enrichissement de données et/ou métadonnées entre SI et notamment solutions logicielles de type catalogues et entrepôts
- de comment contribuer aux outils existants de production de data paper à partir de données / métadonnées avec focus sur R et le package R emldown en lien avec MetaShARK
Ci-dessous vous trouverez des propositions d'ateliers dans lesquels vous pouvez vous impliquer :
| Ateliers / hackathons / formations en mode "collaboration fest" |
mercredi 2 novembre matin 10h00-12h30 |
mercredi 2 novembre après-midi 14h00-17h30 |
jeudi 3 novembre matin 10h00-12h30 |
jeudi 3 novembre après-midi 14h00-17h30 |
vendredi 4 novembre matin 10h00-12h30 |
vendredi 4 novembre après-midi 14h00-17h30 |
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Formations introductives
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Formation introductutive "paysages des acteurs données de biodiversité" |
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| Formation introductutive GitHub / Gitlab ? |
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| Formation introductive reproductibilité via R compendium |
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| Formation introductive R Shiny |
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| Formation introductive reproductibilité via Conda et Galaxy-Ecology |
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Ateliers
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développer un site web pédagogique “actionnable”, dans lequel les utilisateurs peuvent exécuter des outils de traitement, conversion, visualisation de données |
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| Mettre en place un système de curation manuelle de fiches de métadonnées, via github par exemple et des github actions utilisant l’outil d’évaluation |
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| Développement de scripts R (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive reproductibilité via R compendium) |
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| Développement d’applications R Shiny (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive développement d’application R Shiny) |
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| reflexion données eDNA et workflows analytiques |
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| Développement d’outils Galaxy (Prérequis potentiel / non obligatoire : Formation introductive reproductibilitévia, Conda et Galaxy-Ecology) |
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| Fair Implementation Profile avec Tempo |
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Hackathons
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workflow STOC |
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| création d'un dashboard sous R Shiny |
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| Moissonnage Tempo / Recherche Data Gouv / PNDB |
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Retours sur les 3 jours
Vous pourrez touver les comptes-rendus des ateliers et formations en écoinformatique qui ont eu lieu via ce document partagé : https://codimd.math.cnrs.fr/FdmHs_MpQL-OD70agYdxmQ?both
